Qualcosa di simile mi è successo già con un paio di scarponi, cioè che i piedi hanno iniziato a farmi male sul serio, ma le scarpe non erano troppo piccole. Per quanto sono riuscito a capire, il problema era nell'arco della pianta interna della scarpa sul lato esterno, quindi non in quel rialzo anti-piatto al lato interno del piede ma in una protuberanza molto lieve (ma comunque troppo pronunciata per il mio piede) sul bordo esterno del piede.
Soluzione: altre scarpe. Una volta ho (più per identificare il problema) provato a ritagliare la soletta interna in quella parte, e i piedi non mi facevano più male così, ma la pressione sul bordo tagliato era un po' fastidiosa camminando, su camminate più lunghe probabilmente avrebbe fatto vesciche.
Purtroppo non ho ancora imparato a riconoscere questo problema in negozio provandole, quindi mi è successo due volte, non una sola. Il consiglio è quindi soprattutto -- se una marca di scarpe non ti crea problemi e quindi la loro forma ti calza, compra la stessa marca anche la prossima volta.
(Si penserebbe che se uno ha piedi piatti, un problema simile possa causarlo anche il rialzo sul lato interno del piede.)